《国家税务总局关于发布修订后的〈企业所得税优惠政策事项办理办法〉的公告》(国家税务总局公告2018年第23号)明确，取消企业所得税优惠事项备案管理，实行纳税人“自行判别、申报享受、相关资料留存备查”的办理方式。企业自行享受所得税优惠的同时，需要将《企业所得税优惠事项管理目录(2017年版)》[以下简称《目录》(2017年版)]列明的留存备查资料归集齐全并整理完成，以备税务机关核查。同时，纳税人在实务中需避免出现以下三种情形。

情形一：未及时归集备查资料

企业应当在完成所得税汇算清缴申报后，同步将留存备查资料归集和整理，以备税务机关核查。如企业享受《目录(2017年版)》某优惠事项，并在2018年5月15日完成2017年度企业所得税纳税申报和缴纳税款，应在5月15日同步将其优惠事项的留存备查资料归集和整理完毕。如果企业未按时归集和整理备查资料，可能会影响相关税收优惠的享受。

情形二：未按时限留存备查资料

企业留存备查资料应从享受优惠事项当年的企业所得税汇算清缴期结束次日起，保留10年。如果企业保管不善导致留存备查资料在该期间内遗失或损毁，则可能承担被税务机关否定享受税收优惠权利的风险。企业应按2018年第23号公告附录《目录》(2017年版)中规定的内容收集留存备查资料，并按税务机关要求限期提供留存备查资料，以证明其符合税收优惠政策条件。

例如，某企业2017年完工某生产用厂房，原值2200万元，根据目录(2017年版)“固定资产加速折旧或一次性扣除”的规定，企业应当留存以下四项材料备查：1.企业属于重点行业、领域企业的说明材料[以某重点行业业务为主营业务，固定资产投入使用当年主营业务收入占企业收入总额50%(不含)以上];2.购进固定资产的发票、记账凭证(购入已使用过的固定资产，应提供已使用年限的相关说明);3.核算有关资产税法与会计差异的台账;4.其他由省税务机关规定的资料。

这些材料的保存期限，应当从优惠事项有效期结束后开始计算。《企业所得税法实施条例》第六十条规定，除国务院财政、税务主管部门规定外，房屋、建筑物计算折旧的最低年限为20年。由于加速折旧最低折旧年限不得低于规定折旧年限的60%。因此，该厂房最低折旧年限为12年，加速折旧优惠事项有效期为2017年～2029年。在这12年中，该项资产税法折旧额大于会计折旧额，企业依法享受所得税优惠，并每年填写《固定资产加速折旧(扣除)明细表》。优惠事项有效期结束后的10年，即2030年～2039年期间，企业都要留存保管备查资料。这样，企业留存备查材料最长达22年。如果未按要求期限留存备查材料将受到处罚。

情形三：备查资料不真实不完整

企业未能按照税务机关要求提供留存备查资料，或者提供的留存备查资料与实际生产经营情况、财务核算情况、相关技术领域、产业、目录、资格证书等不符，无法证实符合优惠事项规定条件的，或者存在弄虚作假情况的，税务机关将依法追缴其已享受的企业所得税优惠，并按照税收征管法等相关规定处理。比如，伪造残疾人证书，伪造资源综合利用证书等主观恶意行为，都会受到处罚。